cambio en forma code

9b437f66 · Christian Sarmiento · dac49eb6 · 9b437f66
Commit 9b437f66 authored 2 years ago by Christian Sarmiento
--- a/SimulacionFluenciaDocker.ipynb
+++ b/SimulacionFluenciaDocker.ipynb
@@ -25,11 +25,13 @@
   ]
  },
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-   "cell_type": "raw",
-   "id": "255d2ec7",
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": null,
+   "id": "238cfbd8",
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+   "outputs": [],
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-    "    sudo apt-get install docker"
+    "sudo apt-get install docker"
   ]
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@@ -41,11 +43,13 @@
   ]
  },
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-   "cell_type": "raw",
-   "id": "84de51f9",
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": null,
+   "id": "319b87f6",
   "metadata": {},
+   "outputs": [],
   "source": [
-    "    sudo docker build --no-cache --build-arg ARTI_BRANCH=\"master\" -t arti:2022.01 - < Dockerfile-arti"
+    "sudo docker build --no-cache --build-arg ARTI_BRANCH=\"master\" -t arti:2022.01 - < Dockerfile-arti"
   ]
  },
  {
@@ -57,9 +61,11 @@
   ]
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+   "id": "b5cacc2d",
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+   "outputs": [],
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    "sudo docker images -a"
   ]
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+   "execution_count": null,
+   "id": "530250af",
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    "sudo docker run -it arti:2022.01"
   ]
@@ -89,9 +97,11 @@
   ]
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-   "id": "2429a8b1",
+   "cell_type": "code",
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+   "id": "52ac143c",
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+   "outputs": [],
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    "sudo docker ps -a"
   ]
@@ -105,9 +115,11 @@
   ]
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-   "cell_type": "raw",
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+   "outputs": [],
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    "sudo docker stop ID"
   ]
@@ -121,9 +133,11 @@
   ]
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  {
-   "cell_type": "raw",
-   "id": "1248d34d",
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": null,
+   "id": "3c8dab97",
   "metadata": {},
+   "outputs": [],
   "source": [
    "sudo docker cp ID:path/to/file path/to/host"
   ]
@@ -137,17 +151,19 @@
   ]
  },
  {
-   "cell_type": "raw",
-   "id": "7a11672e",
+   "cell_type": "markdown",
+   "id": "3aaab247",
   "metadata": {},
   "source": [
    "Primero vamos a ir al directorio donde se encuentran los ejecutables de la simulación"
   ]
  },
  {
-   "cell_type": "raw",
-   "id": "408896ba",
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": null,
+   "id": "d0a4578c",
   "metadata": {},
+   "outputs": [],
   "source": [
    "/opt/arti/sims"
   ]
@@ -161,9 +177,11 @@
   ]
  },
  {
-   "cell_type": "raw",
-   "id": "77a67a63",
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": null,
+   "id": "52f69114",
   "metadata": {},
+   "outputs": [],
   "source": [
    "./do_sims.sh -?"
   ]
@@ -177,9 +195,11 @@
   ]
  },
  {
-   "cell_type": "raw",
-   "id": "34c92ae6",
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": null,
+   "id": "c9ba8ef6",
   "metadata": {},
+   "outputs": [],
   "source": [
    "./do_sims.sh version v1r0\n",
    "\n",
@@ -227,9 +247,11 @@
   ]
  },
  {
-   "cell_type": "raw",
-   "id": "34dbf1de",
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": null,
+   "id": "03b6a687",
   "metadata": {},
+   "outputs": [],
   "source": [
    "./do_sims.sh -w /opt/lago-corsika-77402/run/ -p miPrimeraSimulacion -v 77402 -u MiNombre -t 60 -s bga"
   ]
@@ -271,9 +293,11 @@
   ]
  },
  {
-   "cell_type": "raw",
-   "id": "023c780f",
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": null,
+   "id": "328072e2",
   "metadata": {},
+   "outputs": [],
   "source": [
    "ls -lR | bzgrep \"END OF RUN\" *lst.bz2 | wc -l"
   ]
@@ -288,9 +312,11 @@
   ]
  },
  {
-   "cell_type": "raw",
-   "id": "1de5511f",
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": null,
+   "id": "b7ce01ab",
   "metadata": {},
+   "outputs": [],
   "source": [
    "for i in DAT??????.bz2; do j=$(echo $i | sed -e 's/.bz2//'); u=$(echo $j | sed -e 's/DAT//'); bzip2 -d -k $i; echo $j | ../../../arti/analysis/lagocrkread | ../../../arti/analysis/analysis -p -v $u; rm $j; done"
   ]

 %% Cell type:markdown id:886dc788 tags:

 ## Simulación flujo de rayos cósmicos

 %% Cell type:markdown id:b2560f90 tags:

 La idea de este documento es resumir la ejecución de la simulación del flujo de rayos cósmicos en el rango de 1 GeV y 10$^6$ GeV. Para ello se usan dos herramientas, de un lado **Docker** que se ocupa de tener todo lo necesario para la simulación preinstalado. Por el otro lado, **ARTI**, facilita hacer las simulaciones con CORSIKA de forma sencilla.

 %% Cell type:markdown id:7e1df2a6 tags:

 Instalara docker

-%% Cell type:raw id:255d2ec7 tags:
+%% Cell type:code id:238cfbd8 tags:

-    sudo apt-get install docker
+``` python
+sudo apt-get install docker
+```

 %% Cell type:markdown id:1319082f tags:

 Instalar nuestro archivo docker llamado "arti:2022.01"

-%% Cell type:raw id:84de51f9 tags:
+%% Cell type:code id:319b87f6 tags:

-    sudo docker build --no-cache --build-arg ARTI_BRANCH="master" -t arti:2022.01 - < Dockerfile-arti
+``` python
+sudo docker build --no-cache --build-arg ARTI_BRANCH="master" -t arti:2022.01 - < Dockerfile-arti
+```

 %% Cell type:markdown id:8fa52cf1 tags:

 Para poder ver si la imagen ha sido creada correctamente hacemos

-%% Cell type:raw id:ed540156 tags:
+%% Cell type:code id:b5cacc2d tags:

+``` python
 sudo docker images -a
+```

 %% Cell type:markdown id:250b6d3e tags:

 Para correr la imagen e ingresar al docker

-%% Cell type:raw id:86d4dd09 tags:
+%% Cell type:code id:530250af tags:

+``` python
 sudo docker run -it arti:2022.01
+```

 %% Cell type:markdown id:01738a6c tags:

 Si queremos conocer el ID del docker

-%% Cell type:raw id:2429a8b1 tags:
+%% Cell type:code id:52ac143c tags:

+``` python
 sudo docker ps -a
+```

 %% Cell type:markdown id:802acd5d tags:

 Para parar el docker podemos usar este comando

-%% Cell type:raw id:34b62fc6 tags:
+%% Cell type:code id:3b308b7d tags:

+``` python
 sudo docker stop ID
+```

 %% Cell type:markdown id:04a24fbd tags:

 Para copiar un archivo desde el interior del docker a nuestro PC local

-%% Cell type:raw id:1248d34d tags:
+%% Cell type:code id:3c8dab97 tags:

+``` python
 sudo docker cp ID:path/to/file path/to/host
+```

 %% Cell type:markdown id:c47e555c tags:

 Ahora vamos a empezar a escribir una serie de pasos para realizar las simulacioones del flujo de rayos cósmicos usando **ARTI**

-%% Cell type:raw id:7a11672e tags:
+%% Cell type:markdown id:3aaab247 tags:

 Primero vamos a ir al directorio donde se encuentran los ejecutables de la simulación

-%% Cell type:raw id:408896ba tags:
+%% Cell type:code id:d0a4578c tags:

+``` python
 /opt/arti/sims
+```

 %% Cell type:markdown id:49c8cf9a tags:

 Allí ejecutamos

-%% Cell type:raw id:77a67a63 tags:
+%% Cell type:code id:52f69114 tags:

+``` python
 ./do_sims.sh -?
+```

 %% Cell type:markdown id:7e97dbbe tags:

 Así vamos a obtener el menú de opciones

-%% Cell type:raw id:34c92ae6 tags:
+%% Cell type:code id:c9ba8ef6 tags:

+``` python
 ./do_sims.sh version v1r0

 USAGE ./do_sims.sh:
 Simulation parameters
  -w <working dir>                   : Working directory, where bin (run) files are located
  -p <project name>                  : Project name (suggested format: NAMEXX)
  -v <CORSIKA version>               : CORSIKA version
  -h <HE Int Model (EPOS|QGSII)>     : Define the high interaction model to be used
  -u <user name>                     : User Name.
  -j <procs>                         : Number of processors to use
 Physical parameters
  -t <flux time>                     : Flux time (in seconds) for simulations
  -m <Low edge zenith angle>         : Low edge of zenith angle.
  -n <High edge zenith angle>        : High edge of zenith angle.
  -r <Low primary particle energy>   : Lower limit of the primary particle energy.
  -i <Upper primary particle energy> : Upper limit of the primary particle energy.
  -a <high energy ecuts>             : High energy cuts for ECUTS; (if set value in GV = enabled).
  -y                                 : Select volumetric detector mode (default=flat array)
 Site parameters
  -s <site>                          : Location (several options)
  -k <altitude, in cm>               : Fix altitude, even for predefined sites
  -c <atm_model>                     : Fix Atmospheric Model even for predefined sites.
  -o <BX>                            : Horizontal comp. of the Earth's mag. field.
  -q <BZ>                            : Vertical comp. of the Earth's mag. field.
  -b <rigidity cutoff>               : Rigidity cutoff; (if set value in GV = enabled).
 Modifiers
  -l                                 : Enables SLURM cluster compatibility (with sbatch).
  -e                                 : Enable CHERENKOV mode
  -d                                 : Enable DEBUG mode
  -x                                 : Enable other defaults (It doesn't prompt user for unset parameters)
  -?                                 : Shows this help and exit.
+```

 %% Cell type:markdown id:008d068f tags:

 Con la siguiente linea se van a generar 15 scripts de bash que se deben correr uno por uno.
 No es recomendable correr todos los scripts de una vez porque se va a sobrecargar el PC.
 Sin embargo, esto depende de la capacidad computacional que se tenga.

 Los scripts se encuentran el directorio "run", ubicado en '/opt/lago-corsika-77402/run/'

-%% Cell type:raw id:34dbf1de tags:
+%% Cell type:code id:03b6a687 tags:

+``` python
 ./do_sims.sh -w /opt/lago-corsika-77402/run/ -p miPrimeraSimulacion -v 77402 -u MiNombre -t 60 -s bga
+```

 %% Cell type:markdown id:0f6ccf87 tags:

 En este caso se usaron las siguientes opciones:

 w -> directorio en el que se encuentra el ejecutable de CORSIKA

 p -> nombre de la carpeta donde se van a generar las simulaciones

 v -> versión de CORSIKA que tenemos en el PC

 u -> nombre del usuario

 t -> tiempo que se va a simular

 s -> sigla del sitio, esto incluye la latitud, longitud, altura y coordenadas del campo geomagnético.

 %% Cell type:markdown id:5dd922a3 tags:

 Luego de correr los 15 scripts se van a generar tres tipos de archivos:

    DATNNNNNN       -> toda la info de los secundarios (archivo binario)
    DATNNNNNN.dbase -> librerías e info de la lluvia
    DATNNNNNN.lst   -> archivo ‘log’ para controlar la salida

 Es importante revisar los 60 archivos '.lst' para verificar que la simulación haya terminado correctamente.
 Esto se hace viendo la última linea del archivo y verificando que este la leyenda 'END OF RUN'.
 Para hacer una revisión automatica se puede correr en la terminal el siguiente comando:

-%% Cell type:raw id:023c780f tags:
+%% Cell type:code id:328072e2 tags:

+``` python
 ls -lR | bzgrep "END OF RUN" *lst.bz2 | wc -l
+```

 %% Cell type:markdown id:6a8ee819 tags:

 Para extraer los secundarios es necesario leer los archivos binarios que se encuentran en el directorio
 'miPrimeraSimulacion'. Con el siguiente comando se puede hacer de forma automatica:

-%% Cell type:raw id:1de5511f tags:
+%% Cell type:code id:b7ce01ab tags:

+``` python
 for i in DAT??????.bz2; do j=$(echo $i | sed -e 's/.bz2//'); u=$(echo $j | sed -e 's/DAT//'); bzip2 -d -k $i; echo $j | ../../../arti/analysis/lagocrkread | ../../../arti/analysis/analysis -p -v $u; rm $j; done
+```

 %% Cell type:markdown id:3eef1cba tags:

 Para hacer un breve analisis de los datos recien obtenidos se puede usar el siguiente comando,
 el valor de '5100'

 %% Cell type:code id:4140c7e4 tags:

 ``` python
 bzcat *sec.bz2 | ../../../arti/analysis/showers -a 10 -d 10 -c 5100. -n 1 1 -v nombreDelArchivo
 ```