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311cd154 · José Antonio López Rodríguez · 2062bff6 · 311cd154 · 311cd154 · 311cd154
Commit 311cd154 authored 4 years ago by José Antonio López Rodríguez
--- a/1/Natarajan et al 1991-Mutation Research_Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis.pdf
+++ b/1/Natarajan et al 1991-Mutation Research_Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis.pdf
--- a/1/Sakamoto-Hojo 2018- Lessons from the accident with 137 Cesium in Goiania.pdf
+++ b/1/Sakamoto-Hojo 2018- Lessons from the accident with 137 Cesium in Goiania.pdf
--- a/1/Tarea Radiobiología.pdf
+++ b/1/Tarea Radiobiología.pdf
--- a/2/Supervivencia.ipynb
+++ b/2/Supervivencia.ipynb
@@ -4,6 +4,8 @@
   "cell_type": "markdown",
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+    "<img src=\"img/isotipo-RGB-pequeno.png\" alt=\"\" width=\"15%\" />\n",
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    "# Mezcla de poblaciones celulares y resistencia a la radiación"
   ]
  },
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   "source": [
    "## Ejercicio\n",
-    "Se dispone de un archivo de texto (poblacion.csv) con valores en un arreglo de dimensión 101,101\n",
+    "Se dispone de un archivo de texto (poblacion.csv) con valores en un arreglo de dimensión 101,101.\n",
-    "Los valores posibles del arreglo son los enteros del 0 al 3. Este arreglo podría estar relacionado con una simulación usando un modelo de Potts celular.\n",
+    "Los valores posibles del arreglo son los enteros del 0 al 3. Cada valor corresponderá con un estado de una célula presente en el sitio. \n",
-    "En nuestro caso de interés los valores tienen la siguiente interpretación:\n",
+    "\n",
+    "Este arreglo podría estar relacionado con una simulación usando un modelo de Potts celular.\n",
+    "\n",
+    "En el caso de interés los valores tienen la siguiente interpretación:\n",
    "\n",
-    "* 0: no hay células\n",
+    "* 0: no hay célula\n",
-    "* 1: células aireadas\n",
+    "* 1: célula aireada\n",
-    "* 2: células hipóxicas\n",
+    "* 2: célula hipóxica\n",
-    "* 3: células muertas\n",
+    "* 3: célula muerta\n",
    "\n",
    "El objetivo de este ejercicio es simular el efecto de la radiación sobre este conjunto de células, usando un modelo de blanco simple.\n",
    "\n",

 %% Cell type:markdown id: tags:
+<img src="img/isotipo-RGB-pequeno.png" alt="" width="15%" />
 # Mezcla de poblaciones celulares y resistencia a la radiación
 %% Cell type:code id: tags:
 ``` python3.6
 from pandas import read_csv
 import matplotlib.pyplot as plt
 import numpy as np
 import random
 ```
 %% Cell type:markdown id: tags:
 ## Ejercicio
-Se dispone de un archivo de texto (poblacion.csv) con valores en un arreglo de dimensión 101,101
+Se dispone de un archivo de texto (poblacion.csv) con valores en un arreglo de dimensión 101,101.
-Los valores posibles del arreglo son los enteros del 0 al 3. Este arreglo podría estar relacionado con una simulación usando un modelo de Potts celular.
+Los valores posibles del arreglo son los enteros del 0 al 3. Cada valor corresponderá con un estado de una célula presente en el sitio.
-En nuestro caso de interés los valores tienen la siguiente interpretación:
+Este arreglo podría estar relacionado con una simulación usando un modelo de Potts celular.
-* 0: no hay células
-* 1: células aireadas
+En el caso de interés los valores tienen la siguiente interpretación:
-* 2: células hipóxicas
-* 3: células muertas
+* 0: no hay célula
+* 1: célula aireada
+* 2: célula hipóxica
+* 3: célula muerta
 El objetivo de este ejercicio es simular el efecto de la radiación sobre este conjunto de células, usando un modelo de blanco simple.
 ### Modelo:
 La probabilidad de daño a una determinada célula es $p=1-e^{-D/Do}$, donde $Do=1$ Gy para las células tipo 1 y $Do=5$ Gy para las células tipo 2.
 ### Instrucciones
 * Represente gráficamente los datos del archivo, de forma que se pueda visualizar en que zona se encuentra cada tipo de célula.
 * Simule la aplicación de diferentes dosis a réplicas de su población de prueba en un rango de 1 a 25 Gy. Utilice el modelo proporcionado para decidir si cada célula sobrevive o muere.
 * Calcule la fracción de supervivencia en cada caso, tabule y grafique $\ln(S)$ en función de $D$
 * Tabule y grafique la proporción de células sobrevivientes tipo 2 con respecto al total de células sobrevivientes tipo 1 y 2 en función de la dosis.
 * Indique qué propiedad de la curva resultante evidencia la resistencia diferencial de las sub poblaciones 1 y 2.
 * Usted puede usar esta hoja para desarrollar la respuesta o cualquier otra herramienta a su alcance, siempre que el resultado sea razonablemente reproducible.
 %% Cell type:code id: tags:
 ``` python3.6
 df = read_csv('poblacion.csv',header=None)
 ```
 %% Cell type:code id: tags:
 ``` python3.6
 df
 ```
 %% Output
         0    1    2    3    4    5    6    7    8    9    ...  91   92   93   \
    0      0    0    0    0    0    0    0    0    0    0  ...    0    0    0
    1      0    0    0    0    0    0    0    0    0    0  ...    0    0    0
    2      0    0    0    0    0    0    0    0    0    0  ...    0    0    0
    3      0    0    0    0    0    0    0    0    0    0  ...    0    0    0
    4      0    0    0    0    0    0    0    0    0    0  ...    0    0    0
    ..   ...  ...  ...  ...  ...  ...  ...  ...  ...  ...  ...  ...  ...  ...
    96     0    0    0    0    0    0    0    0    0    0  ...    0    0    0
    97     0    0    0    0    0    0    0    0    0    0  ...    0    0    0
    98     0    0    0    0    0    0    0    0    0    0  ...    0    0    0
    99     0    0    0    0    0    0    0    0    0    0  ...    0    0    0
    100    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0  ...    0    0    0
         94   95   96   97   98   99   100
    0      0    0    0    0    0    0    0
    1      0    0    0    0    0    0    0
    2      0    0    0    0    0    0    0
    3      0    0    0    0    0    0    0
    4      0    0    0    0    0    0    0
    ..   ...  ...  ...  ...  ...  ...  ...
    96     0    0    0    0    0    0    0
    97     0    0    0    0    0    0    0
    98     0    0    0    0    0    0    0
    99     0    0    0    0    0    0    0
    100    0    0    0    0    0    0    0
    [101 rows x 101 columns]
 %% Cell type:code id: tags:
 ``` python3.6
 plt.imshow(df, cmap='viridis')
 plt.colorbar()
 plt.show()
 ```
 %% Output
 %% Cell type:code id: tags:
 ``` python3.6
 ```

--- a/2/img/isotipo-RGB-pequeno.png
+++ b/2/img/isotipo-RGB-pequeno.png