From ff2acd1c726530e790617db901d3850950c1c266 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Christian Sarmiento <christian.sarmiento00@gmail.com>
Date: Wed, 28 Sep 2022 11:05:46 -0500
Subject: [PATCH] Tutorial para correr las simulaciones usando docker
---
SimulacionFluenciaDocker.ipynb | 339 +++++++++++++++++++++++++++++++++
1 file changed, 339 insertions(+)
create mode 100644 SimulacionFluenciaDocker.ipynb
diff --git a/SimulacionFluenciaDocker.ipynb b/SimulacionFluenciaDocker.ipynb
new file mode 100644
index 0000000..abdcbd7
--- /dev/null
+++ b/SimulacionFluenciaDocker.ipynb
@@ -0,0 +1,339 @@
+{
+ "cells": [
+ {
+ "cell_type": "markdown",
+ "id": "886dc788",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "## Simulación flujo de rayos cósmicos"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "markdown",
+ "id": "b2560f90",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "La idea de este documento es resumir la ejecución de la simulación del flujo de rayos cósmicos en el rango de 1 GeV y 10$^6$ GeV. Para ello se usan dos herramientas, de un lado **Docker** que se ocupa de tener todo lo necesario para la simulación preinstalado. Por el otro lado, **ARTI**, facilita hacer las simulaciones con CORSIKA de forma sencilla."
+ ]
+ },
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+ "cell_type": "markdown",
+ "id": "7e1df2a6",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "Instalara docker"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "raw",
+ "id": "255d2ec7",
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+ "source": [
+ "sudo apt-get install docker"
+ ]
+ },
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+ "cell_type": "markdown",
+ "id": "1319082f",
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+ "source": [
+ "Instalar nuestro archivo docker llamado \"arti:2022.01\""
+ ]
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+ {
+ "cell_type": "raw",
+ "id": "84de51f9",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "sudo docker build --no-cache --build-arg ARTI_BRANCH=\"master\" -t arti:2022.01 - < Dockerfile-arti"
+ ]
+ },
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+ "cell_type": "markdown",
+ "id": "8fa52cf1",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "Para poder ver si la imagen ha sido creada correctamente hacemos"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "raw",
+ "id": "ed540156",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "sudo docker images -a"
+ ]
+ },
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+ "cell_type": "markdown",
+ "id": "250b6d3e",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "Para correr la imagen e ingresar al docker"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "raw",
+ "id": "86d4dd09",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "sudo docker run -it arti:2022.01"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "markdown",
+ "id": "01738a6c",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "Si queremos conocer el ID del docker "
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "raw",
+ "id": "2429a8b1",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "sudo docker ps -a"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "markdown",
+ "id": "802acd5d",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "Para parar el docker podemos usar este comando"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "raw",
+ "id": "34b62fc6",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "sudo docker stop ID"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "markdown",
+ "id": "04a24fbd",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "Para copiar un archivo desde el interior del docker a nuestro PC local"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "raw",
+ "id": "1248d34d",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "sudo docker cp ID:path/to/file path/to/host"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "markdown",
+ "id": "c47e555c",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "Ahora vamos a empezar a escribir una serie de pasos para realizar las simulacioones del flujo de rayos cósmicos usando **ARTI**"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "raw",
+ "id": "7a11672e",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "Primero vamos a ir al directorio donde se encuentran los ejecutables de la simulación"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "raw",
+ "id": "408896ba",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "/opt/arti/sims"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "markdown",
+ "id": "49c8cf9a",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "Allà ejecutamos"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "raw",
+ "id": "77a67a63",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "./do_sims.sh -?"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "markdown",
+ "id": "7e97dbbe",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "Asà vamos a obtener el menú de opciones"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "raw",
+ "id": "34c92ae6",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "./do_sims.sh version v1r0\n",
+ "\n",
+ "USAGE ./do_sims.sh:\n",
+ "Simulation parameters\n",
+ " -w <working dir> : Working directory, where bin (run) files are located\n",
+ " -p <project name> : Project name (suggested format: NAMEXX)\n",
+ " -v <CORSIKA version> : CORSIKA version\n",
+ " -h <HE Int Model (EPOS|QGSII)> : Define the high interaction model to be used\n",
+ " -u <user name> : User Name.\n",
+ " -j <procs> : Number of processors to use\n",
+ "Physical parameters\n",
+ " -t <flux time> : Flux time (in seconds) for simulations\n",
+ " -m <Low edge zenith angle> : Low edge of zenith angle.\n",
+ " -n <High edge zenith angle> : High edge of zenith angle.\n",
+ " -r <Low primary particle energy> : Lower limit of the primary particle energy.\n",
+ " -i <Upper primary particle energy> : Upper limit of the primary particle energy.\n",
+ " -a <high energy ecuts> : High energy cuts for ECUTS; (if set value in GV = enabled).\n",
+ " -y : Select volumetric detector mode (default=flat array)\n",
+ "Site parameters\n",
+ " -s <site> : Location (several options)\n",
+ " -k <altitude, in cm> : Fix altitude, even for predefined sites\n",
+ " -c <atm_model> : Fix Atmospheric Model even for predefined sites.\n",
+ " -o <BX> : Horizontal comp. of the Earth's mag. field.\n",
+ " -q <BZ> : Vertical comp. of the Earth's mag. field.\n",
+ " -b <rigidity cutoff> : Rigidity cutoff; (if set value in GV = enabled).\n",
+ "Modifiers\n",
+ " -l : Enables SLURM cluster compatibility (with sbatch).\n",
+ " -e : Enable CHERENKOV mode\n",
+ " -d : Enable DEBUG mode\n",
+ " -x : Enable other defaults (It doesn't prompt user for unset parameters)\n",
+ " -? : Shows this help and exit."
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "markdown",
+ "id": "008d068f",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "Con la siguiente linea se van a generar 15 scripts de bash que se deben correr uno por uno. \n",
+ "No es recomendable correr todos los scripts de una vez porque se va a sobrecargar el PC.\n",
+ "Sin embargo, esto depende de la capacidad computacional que se tenga.\n",
+ "\n",
+ "Los scripts se encuentran el directorio \"run\", ubicado en '/opt/lago-corsika-77402/run/'"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "raw",
+ "id": "34dbf1de",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "./do_sims.sh -w /opt/lago-corsika-77402/run/ -p miPrimeraSimulacion -v 77402 -u MiNombre -t 60 -s bga"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "markdown",
+ "id": "0f6ccf87",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "En este caso se usaron las siguientes opciones:\n",
+ "\n",
+ "w -> directorio en el que se encuentra el ejecutable de CORSIKA\n",
+ "\n",
+ "p -> nombre de la carpeta donde se van a generar las simulaciones\n",
+ "\n",
+ "v -> versión de CORSIKA que tenemos en el PC\n",
+ "\n",
+ "u -> nombre del usuario\n",
+ "\n",
+ "t -> tiempo que se va a simular\n",
+ "\n",
+ "s -> sigla del sitio, esto incluye la latitud, longitud, altura y coordenadas del campo geomagnético."
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "markdown",
+ "id": "5dd922a3",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "Luego de correr los 15 scripts se van a generar tres tipos de archivos:\n",
+ "\n",
+ " DATNNNNNN -> toda la info de los secundarios (archivo binario)\n",
+ " DATNNNNNN.dbase -> librerÃas e info de la lluvia\n",
+ " DATNNNNNN.lst -> archivo ‘log’ para controlar la salida\n",
+ "\n",
+ "Es importante revisar los 60 archivos '.lst' para verificar que la simulación haya terminado correctamente. \n",
+ "Esto se hace viendo la última linea del archivo y verificando que este la leyenda 'END OF RUN'.\n",
+ "Para hacer una revisión automatica se puede correr en la terminal el siguiente comando:\n"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "raw",
+ "id": "023c780f",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "ls -lR | bzgrep \"END OF RUN\" *lst.bz2 | wc -l"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "markdown",
+ "id": "6a8ee819",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "Para extraer los secundarios es necesario leer los archivos binarios que se encuentran en el directorio\n",
+ "'miPrimeraSimulacion'. Con el siguiente comando se puede hacer de forma automatica:"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "raw",
+ "id": "1de5511f",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "for i in DAT??????.bz2; do j=$(echo $i | sed -e 's/.bz2//'); u=$(echo $j | sed -e 's/DAT//'); bzip2 -d -k $i; echo $j | ../../../arti/analysis/lagocrkread | ../../../arti/analysis/analysis -p -v $u; rm $j; done"
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "markdown",
+ "id": "3eef1cba",
+ "metadata": {},
+ "source": [
+ "Para hacer un breve analisis de los datos recien obtenidos se puede usar el siguiente comando,\n",
+ "el valor de '5100' "
+ ]
+ },
+ {
+ "cell_type": "code",
+ "execution_count": null,
+ "id": "4140c7e4",
+ "metadata": {},
+ "outputs": [],
+ "source": [
+ "bzcat *sec.bz2 | ../../../arti/analysis/showers -a 10 -d 10 -c 5100. -n 1 1 -v nombreDelArchivo"
+ ]
+ }
+ ],
+ "metadata": {
+ "kernelspec": {
+ "display_name": "Python 3 (ipykernel)",
+ "language": "python",
+ "name": "python3"
+ },
+ "language_info": {
+ "codemirror_mode": {
+ "name": "ipython",
+ "version": 3
+ },
+ "file_extension": ".py",
+ "mimetype": "text/x-python",
+ "name": "python",
+ "nbconvert_exporter": "python",
+ "pygments_lexer": "ipython3",
+ "version": "3.8.10"
+ }
+ },
+ "nbformat": 4,
+ "nbformat_minor": 5
+}
--
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